主要是综合交通运输体系、物流服务体系、流通体系、供应链管理体系、物流信息服务体系、物流标准体系、国际物流体系、应急物流体系等不完善。
一是综合交通运输体系尚未完全形成。高效便捷、能力充分、衔接顺畅、结构优化、布局合理的综合交通运输体系有待时日，不同运输方式之间协调不足、衔接不畅。运输结构不合理，铁路在综合交通运输中的优势未得到充分发挥。2016年全社会货运量中铁路占比仅7.7%，公路占比则高达78%。全社会货物周转量中铁路货物周转量占比13%，公路则占比33.6%。从国际比较看，我国铁路完成货物周转量占比远低于美国等发达国家，海铁联运比例远低于国际水平。
二是物流服务体系尚不健全。“干、支、末”与“物流枢纽、物流园区、物流中心、配送中心、终端网点”等构成的物流网络尚不完善，干线之间、干线支线之间、干线、支线与配送之间、支线与末端之间均存在许多薄弱环节。物理基础设施网络、信息网络、运营网络尚在形成之中。
公共物流基础设施、社会化物流基础设施、企业自营物流基础设施之间的比例不尽合理。受经济、生产力、基础设施、市场化程度、信息化水平、需求等因素的影响，物流业空间分布“东高西低”(如西部地区铁路发展滞后、路网规模小、物流节点少)，城市物流相对发达，物流企业、物流设施、物流活动高度集中在交通、信息更为发达的大中城市，农村物流较为滞后且水平低下。
“最先一公里”“中间换装一公里”“末端配送与投递一公里”问题突出。大多数城市从农产品进城到中间运输环节的流转再到城市内部的配送、快递分段进行，运作流程多、效率低、成本高。物流资源整合不足，各类物流资源分散、分立、分割，物流资源缺乏和资源浪费并存。
三是“规模化、集约化、高效率”的现代流通体系尚未形成。批发、零售等传统流通方式仍占主流，流通环节多、流通渠道长、交易次数高以及组织化程度低、流通方式落后，使得流通成本居高不下。如农产品流通主要采取农民——经纪人——产地批发市场——销地批发市场——零售终端这一传统模式，多环节交易延长了物流周期，增加了物流成本。
四是供应链管理体系缺乏。目前从国家供应链、区域供应链、行业供应链、企业供应链看，国家间、区域间、行业间、企业间难以建立深层次互利共赢、资源共享的协作机制，难以开展上下游企业流程优化和功能整合，难以形成有效产业链、供应链和价值链。
五是物流标准体系不健全。物流设施和设备的标准化是物流业发展中一个关键问题。因物流标准面广量大、内容繁杂，统一标准难度很大，加之我国物流标准化工作相对滞后，使得物流标准化程度较低。而且，物流标准化体系还存在条块分割、部门分割，基本设备缺乏统一规范、标准之间缺乏有效衔接等问题，进一步增加了搬倒、分拣、包装等环节。如托盘标准不统一，托盘不能循环使用，物流操作需多次搬运，预计一年至少增加商品损耗约400亿元。
六是物流信息服务体系不完善。物流信息化和网络化建设滞后，尚未形成强大、互联互通的信息服务体系，不同物流方式之间的信息碎片化、孤立化。许多部门和单位自建的信息数据库，实际上是一个个信息孤岛。同一运输方式之间不同企业之间、供需双方之间信息缺乏连接与共享。物流资源配置不能在更大范围内进行，信息不对称或信息缺失使得供需失衡。信息缺失和不对称使得货运空载问题突出。
七是国际物流体系薄弱。除了国际海运相对成熟，国际铁路、国际公路、国际航空货运等还比较滞后。中国物流企业在国际市场中份额很低，进出口所需的物流服务大多需要依赖国外跨国物流企业。
八是应急物流服务体系严重滞后。应急能力薄弱，在应对各类重大突发性事件时，难以做到“第一时间”应急物资的保障。